Dem Flottenkommando sind die schwimmenden und fliegenden Verbände, die schwimmenden Unterstützungseinheiten und einige Landeinheiten unterstellt. Aus dem Marinehauptquartier in Glücksburg führt der Befehlshaber der Flotte die See- und Seeluftstreitkräfte.
Der Leiter der Operationsabteilung berät ihn in allen Fragen der operativen Planung und setzt seine Entscheidungen um.
Der Admiralarzt Marine berät den Befehlshaber in allen sanitätsdienstlichen Belangen. Er führt fach- dienstlich den Sanitätsdienst der Marine. Ihm untersteht das Schifffahrtmedizinische Institut der Marine.

Das Marineamt ist die zweite höhere Kommandobehörde der Deutschen Marine. Es ist verantwortlich für die Ausbildung des Personals. die Versorgung der schwimmenden und fliegenden Marineeinheiten und für deren Erhaltung und Modernisierung. Die militärisch-technischen Erfordernisse bei Neubauten werden durch das Marineamt erstellt und überwacht. Das Marineamt ist in Abteilungen mit unterschiedlichen Aufgaben gegliedert. Dem Amt unterstehen die Marineschulen, Marinestützpunkte das Kommando Marineführungssysteme und das Kommando Truppenversuche Marine.
Das Segelschulschiff GORCH FOCK untersteht der Marineschule Mürwik.

Die Seeluftstreitkräfte operieren eigenständig oder in enger Zusammenarbeit mit den Schiffen und Booten der Marine. Sie stellen im Gefüge der verbundenen seekriegsführung eine wichtige Komponente dar. Dem Flottenkommando unterstehen unmittelbar iwei Geschwader, das Marinefliegergeschwader 3 GRAF ZEPPELIN in Nordholz und das Marinefliegergeschwader 5 in Kiel-Holtenau.

Das Institut befindet sich gemeinsam mit Dienststellen des Zentralen Sanitätsdienstes der Bundeswehr in Kronshagen bei Kiel.
Als die zentrale medizinische Einrichtung der Marine ist das Institut „Alma mater" aller Sanitätsoffiziere der Marine. Seine schifffahrtmediziniscbe Kompetenz stellt das Institut in erster Linie der Flotte und der Marine insgesamt zur Verfügung. In der Tauchmedizin werden auch Leistungen für die gesamte Bundeswehr erbracht.
In intensiver Zusammenarbeit mit zivilen und militärischen Einrichtungen des In- und Auslandes setzt das Institut Akzente in der maritimen Medizin und der Tauch- und Uberdruckmedizin. In diesen Gebieten liegen auch die Forschungs- und Ausbildungsschwerpunkte.
Die insgesamt 71 Mitarbeiter, davon 57 Soldaten, arbeiten themenübergreifend unter anderem mit einem hochmodernen Druckkammersystem, speziellen Diagnostikgeräten. Telemedizinanlagen und einem Teamtrainer Schiffslazarett. Für die Bereiche Tauch- und Überdruckmedizin, Telemedizin und Krisenintervention durch eigene Marinepsychologen bietet das Institut eine Notfallbereitschaft rund um die Uhr.