2005 Januar – Stammeskämpfer attakieren in Balochistan Einrichtungen im Pakistans größten Erdgasfeld, was zur Schließung der Hauptanlage führt.

Mehr als 200 verdächtigte islamische Extremisten werden in Räumlichkeiten wie Moscheen und Gebetsschulen verhaftet. Diese Maßnahme wird aufgrund der tödlichen Angriffe in der britischen Hauptstadt durchgeführt; drei der Bomber besuchten Pakistan in 2004.

2005 August - Pakistan testet erste atomwaffenfähigen Marschflugkörper.

2006 Januar – Bis zu 18 Menschen werden durch einen US-Raketenangriff getötet, offenbar war das Ziel in einer Grenzstadt im Norden hochrangige al-Qaeda Mitglieder.

2006 August – Sicherheitskräfte töten den prominenten Balochistan Stammesführer, Nawab Akbar Bugti. Proteste über den Tod enden in Gewalt.

2006 Oktober – Angriff auf eine Islamschule im Stammesgebiet von Bajaur an der Grenze zu Afghanistan tötet bis zu 80 Menschen und entfacht anti-regierungs Proteste. Die Armee erklärt, dass die Koranschule ein Trainingscamp für Terroristen war.

2006 Dezember – Pakistan bestätigt einen erfolgreichen Start einer atomwaffenfähigen Kurzstreckenrakete.